Supervision par :

Jean-Sébastien Moore (Membre régulier)

Description du projet de recherche

Écologie migratoire de l’omble chevalier (Salvelinus alpinus) dans un Arctique en changement : utilisation d’outils génomiques à faibles coûts pour comprendre l’influence de l’environnement sur la migration et pour la gestion des pêcheries mixtes

Introduction: L’omble chevalier est anadrome, ce qui signifie qu’il migre entre les habitats de frai, en eau douce et les aires d’alimentation marines. Il est une ressource sanitaire et économique importante pour les communautés Inuit. Il est donc nécessaire d’établir des plans de gestion durable des pêcheries, particulièrement au regard du changement climatique actuel. Cependant, les pêcheries actuelles d’ombles chevaliers sont des pêcheries à stock mixte, ce qui signifie que différentes populations contribuent au stock de pêche. Ce qui est problématique si les populations de faible abondance ou de faibles variations génétiques sont capturées par inadvertance lors des récoltes ciblant les stocks plus abondants. De plus, on observe un fort taux de dispersion chez S. alpinus. Un individu disperse quand il ne retourne pas à son aire d’origine pour passer l’hiver ou se reproduire, mais qu’il migre vers un habitat non natal. Ces évènements de dispersion contribuent aux pêcheries de stock mixtes. Objectifs: Mes objectifs de recherche seront: de quantifier la contribution des différentes populations lors des récoltes mixtes en utilisant des outils génomiques d’assignations génétiques populationnelles basés sur 500 SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms); de déterminer l’influence des variations climatiques interannuelles sur la dispersion et sur les patrons de migration de l’omble chevalier; d’identifier les facteurs qui peuvent influencer la qualité de la chair des poissons. Sites d'études: Les échantillons ont été récoltés sur plusieurs années au cours de campagnes de terrain conduites par des partenaires fédéraux, provinciaux et régionaux au Nunavut et au Nunavik. Les communautés où ont lieu la grande majorité de ses campagnes de terrain sont principalement Cambridge Bay, Pond Inlet, Gjoa Haven,Pangnirtung, Naujaat et Iqaluit. Matériel et méthodes: L’emploi d’outils génomiques pour quantifier la contribution de différentes populations aux stocks mixtes est nécessaire pour mettre en œuvre des plans de gestions des pêches durables. Les données de séquence complète du génome basées sur la méthode de séquençage du génome entier à faible couverture (lcWGS) seront utilisées pour sélectionner 500 marqueurs SNPs d'intérêt à information maximale. Ensuite, nous utiliserons ces 500 SNPs pour quantifier la variabilité génétique intrapopulationnelle afin de cibler les populations les plus faiblement diversifiées donc les plus à risque. Ces marqueurs nous permettront également d’assigner les individus des pêches de stock mixte à leur population d’origine putative et de quantifier la proportion de chacune des populations aux stocks mixtes. Nous quantifierons également la variabilité interannuelle de la dispersion en comparant les données de différentes années, afin de découvrir de potentielles corrélations avec les variables environnementales. Références

Coordonnées des sites de recherche