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Myriam Labbé

 

Étudiante 3è cycle

Département de biochimie, microbiologie et bio-informatique, Université Laval

Pavillon Charles-Eugène-Marchand
1030 avenue de la Médecine
Université Laval
Québec
Québec, Canada
G1V 0A6

418.656.2131 poste 8502
myriam.labbe.6@ulaval.ca

 

 


 
 
 

Projet de recherche

Diversité et dynamique des virus aquatiques du Haut Arctique Canadien dans un contexte de changements climatiques

Les écosystèmes de l’Arctique suscitent de plus en plus d’intérêt de la part de la communauté scientifique en raison de leur situation géographique qui les rend particulièrement vulnérables aux effets des changements climatiques mondiaux. Leur évolution très rapide laisse entrevoir la perte d’une biodiversité et d’habitats uniques. Malgré cette attention grandissante, les communautés virales polaires demeurent méconnues en dépit des rôles prépondérants des virus dans d’autres écosystèmes à travers le globe. En effet, les virus retrouvés dans les milieux aquatiques modulent la composition et l’évolution des communautés microbiennes en plus de modifier la circulation de l’énergie à travers les niveaux trophiques. Dans les écosystèmes polaires où les communautés microbiennes ont une importance disproportionnée, l’activité virale peut être un facteur crucial dans la dynamique des communautés. L’objectif fondamental de ce projet vise à caractériser la diversité des communautés virales d’étendues d’eau de l’Arctique et à comprendre leur dynamique dans cet environnement extrême et changeant. Pour ce faire, trois lacs ont été choisis sur la côte Nord de l’Île d’Ellesmere en fonction de leurs caractéristiques uniques aux environnements arctiques: le lac d’eau douce de Ward Hunt Island (85°05 N, 74°10 O); le lac A, un lac méromictique à stratification très nette (82°59 N, 75°26 O); et le lac du Fjord Milne, le dernier lac épiplateforme de la région (82°35 N, 80°35 O). Les deux grandes parties du projet, soit l’analyse métagénomique de la diversité et de la dynamique des communautés virales ainsi que l’isolement et la caractérisation d’un système hôte-virus, seront menées aux trois sites. Éventuellement, ce projet pourra s’inscrire dans les projets plus vastes de modélisation des processus biologiques dans écosystèmes aquatiques de l’Arctique. L’approche métagénomique implique de récupérer de l’eau des sites à différentes profondeurs, à la filtrer pour séparer la fraction virale de la fraction cellulaire et à récupérer les virus. De retour au laboratoire, on procède à l’extraction des acides nucléiques, la purification et le séquençage à haut-débit. L’analyse des séquences virales permettra d’illustrer la diversité de ces lacs, de comparer les différences liées au site, de déterminer la présence de systèmes hôtes-virus d’intérêt et de décrire la relation entre la dynamique des communautés virales et les paramètres physico-chimiques de la colonne d’eau. Une attention particulière sera portée à la découverte de gènes métaboliques auxiliaires dans le métagénome viral. L’isolement d’un système hôte-virus permettra d’observer les effets des changements de paramètres environnementaux reliés aux changements climatiques sur la dynamique d’infection. Cette partie du projet vise donc à isoler un cyanophage arctique en mettant en contact des cyanobactéries de la Collection de cultures de cyanobactéries polaires (hébergée par le laboratoire de Prof. Warwick F. Vincent, Université Laval) avec de l’eau provenant des échantillons récupérés dans les sites. Une fois le virus isolé, il sera purifié et amplifié en préparation des expériences à venir. Le principal objectif de cette partie du projet est de comprendre le rôle des gènes métaboliques auxiliaires et la façon dont leur activité change selon les variations appliquées dans les conditions d’infection.
 
 

Communications scientifiques

Trudel, M.V., Vincent, A.T., Attéré, S.A., Labbé, M., Derome, N., Culley, A.I., Charette, S.J., 2016. Diversity of antibiotic-resistance genes in Canadian isolates of Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida: dominance of pSN254b and discovery of pAsa8 . Scientific Reports, 6: 35617. DOI: 10.1038/srep35617.

 
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